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En el reporte de la Auditoría Superior de la Federación (ASF) sobre el Programa de Financiamiento a Proyectos de Infraestructura se detalla que:
En cuanto al desembolso de recursos, en el periodo 2008-2011 las dependencias y entidades retiraron 13 mil 459 millones de pesos para pagar los compromisos de 25 de los 63 proyectos autorizados, lo que representó el 32.9% de lo aprobado en el PNI, por lo que quedó pendiente de ejercerse el 91.2% de los recursos programados.
De acuerdo con la dependencia, en el Programa Nacional de Infraestructura (PNI 2007-2012) se programó desarrollar 405 proyectos, de los cuales el FONADIN participaría con apoyos financieros para el desarrollo de 76 de ellos, el 18.8% del total, con una inversión estimada de 152 mil 200 millones de pesos, el 8.5% del costo de las 405 iniciativas.
En el periodo 2008-2011, el Comité Técnico del FONADIN autorizó el financiamiento de 63 de los 76 proyectos, con una inversión de 54 mil 769 millones 216 mil pesos, el 36.0% del monto original, debido a que las dependencias y entidades no presentaron los estudios de la totalidad de los proyectos previstos para su revisión y autorización, explicó la ASF en su reporte.
De los recursos aprobados, para el sector carretero se autorizaron 51 proyectos presentados por la Secretaría (Ministerio) de Comunicaciones y Transportes (SCT), lo cual significó una cobertura de 82.2% de lo programado en el PNI 2007-2012, con una inversión de 33 mil 80 millones de pesos, el 33.1% de lo previsto.
En el sector ferroviario, se programaron tres proyectos por 15 mil 100 millones de pesos y se realizaron cinco. Los tres originales fueron el Libramiento Ferroviario Puente Internacional Brownsville–Matamoros, el Tren Interurbano de Guanajuato y el Ferrocarril Suburbano de Aguascalientes; y los 2 proyectos adicionales correspondieron al Sistema 1 y 3 del Ferrocarril Suburbano de la Zona Metropolitana del Valle de México (ZMVM).
En el sector marítimo, el fondo tenía previsto participar en el desarrollo de 11 proyectos de infraestructura con un monto previsto de 37 mil 100 millones de pesos. Al final del periodo 2008-2011, el FONADIN participó en el desarrollo de cuatro, con una cobertura de 36.4% y una inversión de mil 653 millones de pesos, el 17.5% de lo presupuestado.
Por último, respecto al aeroportuario, en el PNI 2007-2012 no se incluyeron proyectos ni financiamientos. El Comité Técnico del FONADIN sólo autorizó el otorgamiento de un apoyo no recuperable a favor de la SCT por 106 millones 300 mil pesos. El proyecto comprendió la contratación de asesoría para la licitación y otorgamiento de la concesión del aeropuerto de la Riviera Maya, en el estado de Quintana Roo.